水生態修復的重要任務之一是恢復水生態系統的完整性。這就意味著水生態修復應該是河湖生態系統的整體修復，修復任務應該是包括水文、水質、地貌和生物在內的全面改善。恢復水生態系統的完整性，其核心是恢復五大水生態要素的自然特征，即水文情勢時空變異性，河湖地貌形態空間異質性，河湖水系三維連通性，適宜生物生存的水體物理化學特性范圍，及食物網結構和生物多樣性。

完整的生態系統結構示意圖

在改善河流水文情勢方面，不僅需要恢復水量，也需要恢復自然水文過程。由于人類社會對于水資源的開發利用，試圖恢復到大規模開發以前的水文情勢是不現實的，只能實現部分恢復。通過制定環境水流標準，優化配置水資源，合理安排生產、生活和生態用水，以滿足生態用水需求。另外，通過模擬自然水文過程，改善大壩電站的調度方式，以適應魚類和其它水生生物的繁殖生長需求。

在修復河湖地貌形態空間異質性方面，恢復河流蜿蜒性，重建深潭-淺灘序列；恢復河流橫斷面的地貌單元多樣性，包括恢復河槽斷面幾何非對稱形狀，河濱帶和河漫灘的植被恢復和重建；行洪通道的清理及河漫灘各類地貌單元包括洼地、沼澤、濕地、故道和牛軛湖的恢復。

河流的橫斷面形態示意圖

圍墾河漫灘+堤防縮窄河道示意圖

在修復河湖水系三維連通性方面，通過工程措施和調度措施，促進上下游連續性；地表水與地下水連通性；河道與河漫灘連通性；河湖連通性和水網連通性；增加水體動力性。

在適宜生物生存的水體物理化學特性范圍方面，重點是通過源頭治理、污染控制、水庫調度、曝氣、河岸遮陰等措施，使水溫、溶解氧、營養物和其他水質指標滿足本土種生物需求。

恢復生物群落多樣性和物種多樣性，重點是恢復瀕危、珍稀和特有生物物種以及保護和恢復重要生物資源。此外，還應加強土著物種的保護，防止生物入侵。同時，還應創造條件，完善“二鏈并一網”的河湖食物網結構。

如果忽視生態完整性修復，僅修復單一的生態要素（如保證生態基流），往往難以達到修復目標。但另一方面，對于一個具體項目，河湖生態系統的整體修復不等于面面俱到地修復全部生態要素，而應通過對水生態系統的全面評估和健康診斷，識別生態系統的主要問題，在重點生態要素上采取修復措施。

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